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有網友在台北市長柯文哲臉書留言「公車跟捷運的車廂都很臭」，台北捷運公司表示，捷運每部列車無論空調或車廂地板打蠟清潔均依照清潔公司SOP定時定期清潔消毒，地毯清潔，車站和車廂清潔早已獲得國際肯定，民眾可以安心搭乘。
北捷指出，捷運列車營運全時段皆開啟空調系統，以循環方式將車廂內空氣與外界新鮮空氣依一定比例混合再送入車廂內，維持車廂內空氣流動性，此外，也會定期量測車廂內通風度，定期清潔並更換空調濾網，維持車廂內空氣品質。
北捷表示，為維護旅客服務品質，每日於營運結束後，均會安排列車進行清潔施作，施作完成後，由管理人員就施作項目逐一進行檢視，確保列車清潔。
至於營運期間，列車在終端站折返，司機員發現列車有清潔問題，會立即回報行車控制中心通知車站派員處理，若旅客於搭乘期間發現列車有任何問題，可立即向車站人員或司機員反映，立即派員上車處理。
此外，平時即已透過海報、燈箱、列車資訊顯示系統及車站車廂廣播等方式，呼籲有感冒症狀或身體不適的旅客，搭乘捷運時請配戴口罩；為了大眾健康著想，請旅客多多配合，共同維護捷運良好的乘車環境。